Perkembangan organisasi ini tidak lepas dari sejarah Kohanudnas sendiri, bahkan terlahir bersama-sama dengan Kohanudnas.  Sejak embrio Kohanudnas masih bernama Kohanudgab, maka Air Defence Command (ADC) I sebagai embrio Kosekhanudnas I pun telah berdiri yang  berpusat di Jakarta.

Kosekhanudnas I diresmikan tanggal 1 Juli 1963,  setelah keluarnya Keputusan Kasau Nomor : 16/PERS/MKS/1963 tanggal 27 Juni 1963, tentang perubahan nama Sector Operation Command (SOC) menjadi Komando Operasi Sektor (Kosek), yang kemudian diperingati sebagai Hari Jadi Kosekhanudnas I.   Pada masa itu SOC dibentuk dalam rangka mempertahankan wilayah Jakarta. Tugasnya sebagai pusat penerima berita adanya laporan sasaran (lasa) dari Radar.  

Diawal tahun 1960-an, Angkatan Udara mulai mendatangkan sistem senjata sebagai alat pertahanan udara dan wilayah ibukota menjadi prioritas pertama yang harus dilindungi, sehingga sistem senjata seperti peluru kendali ditempatkan di Cilincing, Tangerang,  Cilodong dan Pondok Gede.  Untuk  radar Decca Plessy ditempatkan di Tanjung Kait, Cisalak dan Palembang, sedangkan Radar P-30 ditempatkan di Palembang dan Tanjung Pandan, serta Radar Nyssa B/C di Cengkareng dan Cibalimbing.

Pada tahun 1962, sebelum Kohanud terbentuk, maka semua peralatan tersebut menjadi tanggung jawab  Air Defence Command (ADC) I yang berpusat di Jakarta.  Saat itu organisasi pertahanan udara sedang masa konsolidasi untuk menuju sistem pertahanan udara yang tertata dan terkontrol dalam setiap melaksanakan misi-misi, yang berhubungan dengan pertahanan udara.   Dengan akan dibentuknya  satuan-satuan baru di wilayah ADC I, maka beberapa beberapa personel dididik sebagai operator peluru kendali di Lanud  Kalijati dengan instruktur dari Rusia. Pendidikan yang diajarkan meliputi cara berkomunikasi dengan radio, menulis target di papan plan set, serta mengendalikan penerbangan militer. Pendidikan ini berlangsung selama tiga bulan dengan  menggunakan alat yang sangat sederhana.

Setelah pendidikan selesai,  dibentuklah Kosek I yang dipimpin Dankosek I Mayor Udara Hashari Hasanudin yang bermarkas di Halim Perdanakusuma, dan  Kosek II yang dipimpin Dankosek II  Mayor Udara Ibnoe Soebroto bermarkas   di Kenjeran Surabaya.   Kosek I membawahi Skadron Peluru Kendali Cilodong, Cilincing, dan Tangerang.  Selain itu, membawahi juga   Skadron Radar Tanjung Kait, Cibalimbing, Pemalang, Cengkareng, Palembang , Tanjung Pandan, serta mebawahi Skadron Buru Sergap di Kemayoran dengan pesawat  MiG-17 dan  MiG-15.

Sejak berdiri, Kosek I telah mengalami perpindahan tempat, awalnya didepan gedung Makohanudnas, namun karena adanya perubahan struktur dan kemajuan teknologi, maka dirancangan bangunan baru berbentuk setengah lingkaran.    Dengan adanya gedung baru ini, maka Kosekhanudnas I harus melaksanakan pergeseran ketempat yang baru untuk melaksanakan operasi Hanud.         

Setelah pembangunan gedung bundar SOC I selesai pada tahun 1986, maka Komandan Kosek Kolonel Pnb Eko Suwaryo memerintahkan kepada 25 anggota operasi dan 21 anggota  Depolek 02 Solo untuk mengawaki dan melaksanakan kegiatan operasi digedung bundar SOC I yang mengoperasikan peralatan-peralatan Thomson buatan Perancis dengan teknologi tinggi.

Mengikuti organisasi Kohanudnas, maka Kosekhanudnas I juga mengalami proses reorganisasi dan modernisasi. Pada tahun 1999, Kosekhanudnas menerima satuan radar sebagai satuan jajarannya.  Setelah berjalan hampir tiga tahun semenjak keputusan tersebut dikeluarkan, sistem pembinaan baru dapat berjalan dengan lancar.